Tout ce que les agents publics doivent savoir sur l’arrêt maladie en 2026 : nouvelles règles de rémunération pour le congé maladie ordinaire, plafonnement des prescriptions dès le 1er septembre 2026, formulaire sécurisé et impact sur la paie. Cet article rassemble les textes récents (LFSS 2026, décrets 2025), les chiffres de la Sécurité sociale et des cas concrets pour vous aider à anticiper vos droits et vos démarches.
En bref
- Depuis le 1er mars 2025, la fonction publique verse 90 % du traitement pendant les trois premiers mois de congé maladie ordinaire.
- Du 1er avril 2025, le plafond de calcul des indemnités journalières pour les salariés du privé est abaissé à 1,4 SMIC (≈ 2 552 € brut en 2025).
- À partir du 1er septembre 2026, durée maximale d’un premier arrêt : 1 mois (renouvellement : 2 mois ; téléconsultation hors médecin traitant : 3 jours).
- Un nouveau formulaire AAT sécurisé est obligatoire depuis le 1er septembre 2025 ; la transmission électronique est privilégiée.
- Ressources pratiques : guide juridique et simulateurs pour estimer l’impact sur la paie et les droits.
Réforme arrêt maladie 2026 : ce qui change pour la fonction publique
La loi de finances pour 2025 a modifié le régime des congés maladie dans la fonction publique ; l’application des textes a commencé le 1er mars 2025. Concrètement, un agent placé en congé maladie ordinaire (CMO) perçoit désormais 90 % de son traitement indiciaire brut pendant les trois premiers mois, contre 100 % auparavant. Les mois suivants (mois 4 à 12) restent indemnisés à 50 %.
Les décrets n° 2025-197 et n° 2025-198 du 27 février 2025 ont précisé l’étendue de l’abattement : la retenue porte sur le traitement indiciaire brut et s’applique aussi aux principales primes (IFSE, CIA, indemnité de résidence, SFT). Le calcul se fait selon la règle du trentième : la somme (traitement + primes) est divisée par 30 pour obtenir la retenue journalière.
Pour donner un exemple concret : un agent au traitement brut de 2 400 € et aux primes de 500 € verra, pour un arrêt de 10 jours intervenant dans les trois premiers mois, une retenue correspondant au jour de carence plus 10 % appliqué au montant journalier pour les jours restants. Sur la base indiquée, la perte nette est d’environ 6 % du salaire mensuel pour ces 10 jours, contre ~3,3 % avant la modification législative.
J’ai croisé récemment une collègue de la mairie qui a été prise de court : son contrat de prévoyance collective ne couvrait pas le complément de 10 %. Elle a dû négocier avec le service RH. Cette anecdote illustre que la question du maintien de salaire dépend souvent de la convention collective ou du volet prévoyance de l’employeur.
Quelques points pratiques à retenir pour l’agent public :
- Jour de carence : il reste fixé à 1 jour pour la plupart des CMO. Certaines exceptions existent (ALD, AT/MP, maternité).
- Contractuels : la règle des 90 % s’étend aux agents contractuels de droit public (décret d’application cité ci‑dessus).
- Temps partiel thérapeutique : il n’est pas considéré comme CMO ; l’agent touche 100 % de son traitement temps plein lors du temps partiel thérapeutique.
Sur l’impact retraite, les périodes de CMO comptent comme services effectifs pour la durée d’assurance, et la base de calcul de la pension reste fondée sur les six derniers mois de traitement hors primes.
Si vous cherchez un panorama juridique et pratique actualisé, consultez le dossier complet disponible sur les droits des agents en 2026, qui reprend textes et exemples utilisables en RH.
Insight : pour un agent public, vérifier sa prévoyance collective avant un arrêt est une étape concrète qui évite une perte de revenu inattendue.
Plafonnement de la durée d’arrêt : règles pratiques et cas d’usage
La mesure la plus visible de la LFSS 2026 est le plafonnement de la durée d’arrêt. L’article 81 de la LFSS 2026 modifie l’article L.162-4-1 du Code de la Sécurité sociale et fixe des limites nouvelles :
- 1 mois maximum pour une première prescription ;
- 2 mois maximum pour un renouvellement ;
- 3 jours au maximum pour un arrêt prescrit lors d’une téléconsultation hors médecin traitant.
Avant ce changement, la durée d’arrêt relevait de l’appréciation exclusive du prescripteur. Le législateur a choisi d’introduire un encadrement pour encourager un suivi médical plus fréquent et limiter des premières prescriptions jugées longues. Le texte autorise cependant des dérogations : le prescripteur peut dépasser la durée maximale en motivant son choix par écrit sur l’avis d’arrêt de travail (AAT). À la date de rédaction, les modalités précises des dérogations sont en attente du décret d’application.
Imaginons deux situations claires. Cas 1 : une sinusite aiguë chez un agent municipal — le médecin peut prescrire 7 à 10 jours ; la limite d’un mois ne s’applique pas strictement là où l’arrêt court. Cas 2 : une première poussée dépressive ; le médecin estime nécessaire un arrêt de 6 semaines. Dans ce cas, le praticien devra inscrire une justification écrite pour dépasser le mois. Si la motivation est documentée et recevable, l’Assurance maladie validera le versement des IJ.
La réforme a déclenché de fortes réactions : grève des médecins libéraux en janvier 2026 et annonces politiques. Après le mouvement, la ministre Stéphanie Rist a renoncé à plusieurs mesures mais le plafonnement d’un mois est resté inscrit et sa date d’entrée en vigueur est le 1er septembre 2026.
La règle des 3 jours en téléconsultation hors médecin traitant vise à limiter les arrêts très courts prescrits sans contact clinique direct. Si vous êtes loin de votre médecin traitant et que la téléconsultation est inévitable, gardez en tête cette contrainte et prévoyez un suivi rapide si l’état perdure.
Enfin, la mise en œuvre implique un renforcement des contrôles administratifs et médicaux. L’Assurance maladie va recevoir plus d’éléments motivés sur les AAT, ce qui facilite le contrôle des prescriptions initiales longues.
Insight : la contrainte de durée vise un suivi plus rapproché — pour l’assuré, anticiper un rendez‑vous de suivi évite des ruptures de droits.
Impact sur la paie et le calcul des indemnités journalières
Le régime des indemnités journalières (IJ) est modifié pour une partie des assurés. Depuis le 1er avril 2025, le plafond de calcul des IJ pour les salariés du privé est abaissé à 1,4 fois le SMIC (en valeur 2025, autour de 2 552 € brut). Cette mesure découle du décret du 20 février 2025. Le mécanisme vise à réduire le montant maximal des IJ versées par la Sécurité sociale.
Concrètement, si votre salaire brut est inférieur au nouveau plafond, l’abaissement n’a aucun effet. L’impact notable apparaît à partir d’environ 2 600 € brut et devient sensible au‑delà de 3 000 € brut. Un salarié à 4 000 € brut verra ses IJ calculées sur une assiette plus faible qu’avant, d’où une perte monétaire effective. Si l’employeur propose une prévoyance collective, celle‑ci peut compenser tout ou partie de la perte.
Le Rapport d’évaluation des politiques de Sécurité sociale souligne la montée des dépenses d’IJ : entre 2019 et 2023, la dépense a progressé de 28 % pour atteindre 11,6 milliards d’euros. L’Assurance maladie a confirmé une hausse de 6,6 % en 2024 dans son communiqué sur les remboursements de soins à fin décembre 2024. Ces chiffres expliquent la logique budgétaire derrière les mesures.
Tableau récapitulatif des principaux niveaux d’indemnisation
| Situation | Avant réforme | Après réforme (dates clés) |
|---|---|---|
| Fonction publique (CMO, mois 1‑3) | 100 % du traitement | 90 % depuis le 1er mars 2025 |
| Salariés du privé (plafond IJ) | Plafond à 1,8 SMIC | Plafond à 1,4 SMIC depuis le 1er avril 2025 |
| Durée première prescription | Sans limite | 1 mois depuis le 1er septembre 2026 |
Pour calculer l’impact sur votre fiche de paie, demandez au service RH l’attestation de salaire transmise à l’Assurance maladie. Cette attestation fait office de base pour le calcul des IJ. Le simulateur mentionné dans les ressources en ligne peut aider à estimer la perte. À titre de référence pratique, des guides en ligne détaillent les étapes : un dossier synthétique est disponible sur la réforme arrêt maladie.
Insight : si votre salaire dépasse le nouveau plafond, vérifiez votre couverture prévoyance pour évaluer le gap financier.
Procédure déclaration, contrôles et rôle du médecin traitant
La réforme a introduit un nouveau modèle d’avis d’arrêt de travail (AAT) à compter du 1er septembre 2025. Le formulaire papier intègre des dispositifs anti‑fraude (hologramme, encre magnétique, 7 éléments sécurisés). L’envoi dématérialisé reste la voie la plus utilisée par les prescripteurs.
Autre changement : pour les arrêts prescrits à partir du 1er septembre 2026, le médecin doit motiver par écrit le motif de l’arrêt sur les documents adressés à l’Assurance maladie. Cette information n’apparaît pas sur le volet destiné à l’employeur. L’objectif officiel est d’améliorer la traçabilité et d’outiller les contrôles. Sur le terrain, cela implique pour le médecin traitant un traitement administratif supplémentaire.
Le médecin traitant garde un rôle pivot. Si l’arrêt a été prescrit en téléconsultation par un autre praticien, la limite de 3 jours s’applique ; un retour au médecin traitant ou une consultation physique pourra justifier un prolongement. Lors d’un renouvellement, le praticien devra expliciter la raison médicale pour atteindre deux mois ou davantage si dérogation motivée existe.
Contrôles et sanctions : l’Assurance maladie et l’employeur peuvent solliciter un contrôle médical. La nouvelle traçabilité facilite l’analyse des prescriptions initiales longues. En cas de contestation, l’intéressé peut déposer des pièces complémentaires (comptes‑rendus, certificats). Dans certains cas, un comité médical peut être saisi pour un agent public.
Pour comprendre la procédure administrative complète — attestation de l’employeur, AAT, délais de transmission, recours — plusieurs notices pratiques sont utiles. Une synthèse opérationnelle est disponible sur des portails spécialisés et juridiques ; pour une vue RH détaillée, voir le guide pratique sur les démarches et simulateurs de paie.
Insight : conservez toutes les pièces médicales et demandez systématiquement l’AAT dématérialisé ; cela facilite un recours si des éléments sont contestés.
Droits, recours et conseils pratiques pour agents en 2026
Les changements législatifs n’éteignent pas les droits classiques. Les congés payés continuent à s’acquérir pendant un arrêt maladie, en conformité avec la mise en conformité de juin 2025 avec le droit européen. Si vous tombez malade pendant des vacances, la conversion des jours de congés en jours maladie est possible sous réserve d’envoi de l’arrêt dans les 48 heures.
Les congés de longue maladie (CLM), congés de longue durée (CLD) et les arrêts liés à un accident de service ou une maladie professionnelle conservent, pour l’instant, leurs règles spécifiques. La LFSS 2026 a prévu un plafonnement de la durée d’indemnisation pour les AT/MP à partir du 1er janvier 2027 ; une durée de 4 ans a été évoquée mais le décret d’application n’est pas encore publié. La mesure ne s’appliquera pas de façon rétroactive.
Voici une checklist pratique à garder avec vous :
- Vérifier votre volet prévoyance collective et garanties de maintien de salaire.
- Demander au service RH la copie de l’attestation de salaire envoyée à l’Assurance maladie.
- Conserver tous les comptes‑rendus médicaux et l’AAT dématérialisé.
- Prendre contact avec le médecin traitant pour un suivi rapproché avant la fin d’un mois d’arrêt si une prolongation est attendue.
- Consulter des guides pratiques en ligne pour connaître vos recours administratifs et médicaux.
Pour un support pratique et des fiches RH dédiées, des synthèses utiles existent, comme celles publiées sur netfonctionnaire. Pour un panorama des débats publics et des enjeux législatifs, l’article du Monde du 13 juin 2026 offre un angle politique utile.
Insight : anticiper la fin d’un mois d’arrêt et préparer le dossier médical réduit le risque d’interruption des indemnités et de litige.
La réforme concerne‑t‑elle tous les agents publics ?
Oui : la réduction à 90 % pour les trois premiers mois s’applique aux agents titulaires et aux contractuels depuis le 1er mars 2025. Les règles pour les CLM/CLD et AT/MP restent distinctes.
Mon médecin peut‑il prescrire plus d’un mois dès septembre 2026 ?
Oui : le prescripteur peut dépasser le mois initial en motivant sa décision par écrit sur l’avis d’arrêt de travail. Les modalités d’application des dérogations seront précisées par décret.
Le jour de carence a‑t‑il changé pour la fonction publique ?
Non : pour la plupart des agents, le jour de carence reste d’un jour. L’amendement visant à l’aligner sur 3 jours n’a pas été retenu dans la version finale.
Les congés payés continuent‑ils à s’acquérir pendant un arrêt maladie ?
Oui : depuis la mise en conformité avec le droit européen en juin 2025, les congés payés s’acquièrent pendant l’arrêt. Si l’arrêt survient pendant des vacances, les jours peuvent être convertis en jours maladie si l’arrêt est transmis dans les 48 h.
